植物物种鉴定

发布时间：2024-02-14 17:17:47 热度：452

通过DNA barcoding 技术分析RBCL&MATK基因，可对植物进行物种水平的鉴定。特定的法医应用中，则需辅助特异遗传标记，进一步地进行分析。该技术适用单一种属来源样本的分析，若样本为多物种混合来源，则采用我公司的CELL STR ID技术进行分析。

NCBI数据库物种比对确认步骤

使用NCBI数据库确认物种通常涉及序列比对和物种鉴定。以下是详细步骤指南：

一、使用BLAST进行序列比对确认物种

访问NCBI BLAST

打开NCBI网站 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

点击"BLAST"工具或直接访问 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

选择适当的BLAST程序

核苷酸序列: 选择"nucleotide BLAST" (blastn)

蛋白质序列: 选择"protein BLAST" (blastp)

对于未知类型的序列，可选择"blastx"或"tblastn"

输入查询序列

在查询框中粘贴FASTA格式的序列

或上传包含序列的文件

设置数据库和参数

数据库选择:

核苷酸: "nr/nt" (非冗余核苷酸数据库)

蛋白质: "nr" (非冗余蛋白质数据库)

限制物种范围(可选): 在"Organism"框中输入已知或怀疑的物种名称

其他参数通常可使用默认值

运行BLAST

点击"BLAST"按钮提交任务

分析结果

查看"Descriptions"选项卡中的匹配结果

重点关注:

E-value (越小越好，通常<0.001)

Query cover (覆盖度，越高越好)

Percent identity (相似度，越高越好)

检查匹配物种的学名和共同信息

二、使用NCBI Taxonomy确认物种分类

访问NCBI Taxonomy数据库

直接访问 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy

搜索物种

在搜索框中输入物种名称(学名或俗名)

或输入Taxonomy ID (如果已知)

查看分类信息

确认完整的分类等级(界、门、纲、目、科、属、种)

检查同义词和常见名称

查看相关序列和出版物

三、使用其他NCBI工具确认物种

NCBI Nucleotide/Protein数据库

搜索已知的物种特异性标记基因(如16S rRNA、COI等)

比较查询序列与已知物种标记的相似性

NCBI Genome数据库

对于全基因组或大片段，可比较与参考基因组的相似性

访问 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/

四、多序列比对确认(更精确的方法)

下载多个相关物种的同源序列

使用Clustal Omega、MAFFT等工具进行多序列比对

构建系统发育树(MEGA、PhyML等工具)

通过进化关系确认物种分类地位

注意事项

对于微生物，16S rRNA基因比对是常用方法，但可能分辨率有限

对于高等生物，可考虑使用多个标记基因联合分析

相似度阈值参考:

16S rRNA: >97%通常视为同一物种

COI基因: >98%通常视为同一物种

结合形态学、生态学等其他证据进行综合判断

通过以上步骤，您可以在NCBI数据库中有效地比对序列并确认物种分类信息。