细胞STR鉴定流程

发布时间：2025-05-18 11:09:33 热度：36

细胞STR（短串联重复序列）鉴定是一种用于验证细胞系身份、检测交叉污染或错误鉴定的分子生物学技术。以下是标准的细胞STR鉴定流程：

1. 样本准备

细胞收集：培养待鉴定细胞，收集约10^6个细胞（或根据试剂盒要求调整数量）。

DNA提取：使用商业化DNA提取试剂盒（如Qiagen DNeasy）或酚-氯仿法提取基因组DNA。检测DNA浓度和纯度（A260/A280比值应为1.7-2.0）。

2. STR位点选择

常用STR位点：国际细胞系鉴定委员会（ICLAC）推荐的核心位点（如以下组合）：

8个核心位点：D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、vWA、TH01、TPOX、CSF1PO。

补充位点：Amelogenin（性别标记）、D18S51、D21S11等。

商业试剂盒：常用AmpFℓSTR® Identifiler® Plus（含15个STR位点）或PowerPlex® 16系统。

3. PCR扩增

反应体系：模板DNA：1-10 ng。PCR预混液：包含引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶、缓冲液。

循环条件：根据试剂盒说明书设置（通常为95℃变性→退火→延伸，25-30个循环）。

注意事项：避免污染（使用无菌PCR管和移液器）。设置阴性对照（无模板）和阳性对照（已知STR谱的细胞DNA）。

4. 毛细管电泳

片段分析：使用荧光标记的PCR产物在毛细管电泳仪（如ABI 3500 Genetic Analyzer）中分离。内标（LIZ 500）用于确定STR片段大小。

软件分析：GeneMapper®或PeakScanner™软件自动分析峰图，生成STR等位基因大小数据。

5. 数据比对与解释

数据库比对：将STR分型结果与公共数据库（如ATCC、DSMZ、Cellosaurus）或实验室内部数据库比对常用匹配标准：≥80%位点一致（需考虑等位基因丢失或突变）。

交叉污染判断：若发现多个峰（杂合性丢失或额外等位基因），提示可能存在混合细胞系。

6. 报告生成

结果记录：列出所有STR位点的等位基因大小（bp）。标注匹配的参考细胞系及匹配度。

示例格式：

STR位点        等位基因1       等位基因2

D5S818            125                 129

vWA                 150                  154

关键注意事项

质量控制：确保DNA无降解（通过电泳检查）。PCR扩增失败时需重复实验。

国际标准：遵循《ANSI/ATCC ASN-0002-2011》或《ISO 20387:2018》生物样本鉴定指南。

定期鉴定：建议细胞培养前、冻存后及长期培养时进行STR鉴定。

常见问题

低峰/无峰：可能因DNA量不足或PCR抑制物导致。

额外峰：提示样本污染或染色体异常（需通过多通道荧光检测排除）。

数据库无匹配：可能是新型细胞系或需补充更多STR位点。

通过上述流程，可准确鉴定细胞系身份，确保实验结果的可靠性和可重复性。